El saneamiento de las aguas tiene como objetivo volver a su estado natural el agua que el ser humano ha utilizado y, en muchas ocasiones, contaminado. Engloba la recuperación de las aguas. Mediante la eliminación de sustancias que pueden resultar perjudiciales, y la regeneración de las aguas corrientes. En grandes lagos, la eliminación de las aguas residuales se consigue mediante la instalación de grandes tuberías circulares que se entierran en el fondo del lago y de sus riberas y conducen el agua a un colector central de depuración. Las aguas depuradas retornan al lago mediante uno de sus emisarios.
Los fosfatos y los nitratos se eliminan en las instalaciones de depuración mediante una descomposición biológica.