En la recuperación de las aguas se sigue tres tipos de procedimientos: químico, mecánico y biológico. El procedimiento químico se basa en la oxidación de los sedimentos para lo cual se utilizan organismos acuáticos desnitrificadotes que descomponen la materia orgánica en nitrógeno gaseoso y en dióxido de carbono.
El procedimiento químico se puede utilizar para mantener limpias las superficies del aguas de baño, puertos, centrales eléctricas e incluso pequeños cursos del agua. En el caso de los lagos pequeños se puede realizar un desenfangamiento, que tienen como objeto eliminar las acumulaciones de nutrientes procedentes de los vegetales muertos que pueden dar lugar a una eutrofización del lago. También es conveniente, en algunos casos, la circulación forzada con ayuda de aire a presión para evitar una excesiva estratificación de las aguas que favorecen la eutrofización; para este caso puede emplearse un procesamiento mecánico.
En el procedimiento biológico se utilizan organismos que se alimentan de fitoplancton o filtradores como los rotíferos.